Untuk menjaga perdamaian antara negara-negara saingan Westalis dan Ostania, agen Westalis dengan nama sandi "Twilight" ditugaskan untuk memata-matai Donovan Desmond, pemimpin partai politik ekstremis di Ostania. Namun, karena Desmond terkenal tertutup, satu-satunya cara Twilight bisa dekat dengannya adalah dengan mendaftarkan seorang anak di sekolah swasta yang sama dengan putra Desmond dan menyamar sebagai ayah mereka. Untuk mencapai ini, ia menciptakan alias Loid Forger, mengadopsi seorang gadis yatim piatu bernama Anya, dan menikahi seorang wanita bernama Yor Briar, untuk menciptakan citra keluarga yang bahagia. Namun, Yor sebenarnya adalah seorang pembunuh bayaran profesional, baik dia maupun Loid mereka berdua tidak menyadari identitas sebenarnya masing-masing. Keduanya juga tidak menyadari bahwa Anya bisa membaca pikiran, dan mengetahui profesi mereka yang sebenarnya. Terlepas dari faktor-faktor yang tidak diketahui ini, Loid harus belajar memainkan peran ayah dan suami yang sempurna untuk menjalankan misinya.
Spy × Family adalah sebuah seri manga yang ditulis dan diilustrasikan oleh Tatsuya Endō. Seri ini mulai dimuat pada platform Shōnen Jump+ milik Shueisha pada tanggal 25 Maret 2019. Endō telah dikenal melalui beberapa karyanya seperti Tista dan Gekka Bijin. Volume pertamanya diterbitkan oleh Shueisha pada tanggal 4 Juli 2019. Shueisha mulai merilisnya dalam bahasa Inggris secara serentak dengan perilisannya di Jepang melalui platform Manga Plus sejak bulan April 2019.
Adik Yor ternyata adalah anggota polisi rahasia. Menyadari hal ini, Twilight mulai curiga pada istri palsunya. Apakah keluarga pura-pura ini bisa dia percayai? Tentu saja, seorang agen rahasia tidak boleh percaya pada siapa pun. Kemampuan Anya untuk sanggup mendapatkan 8 Stella sebelum batas waktu juga mencurigakan, bahkan mengkhawatirkan.